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これは2004年11月4日から2006年2月18日までZopeで運用していたCOREBlogの静的なアーカイブです。 新しい日記は「西尾泰和の日記」で運用しています。

ゲノムの可聴化

「アイネ クライネ ゲノムジーク」ってタイトルを見て思った。ゲノムを1塩基が8部音符くらいの縮尺で音楽にするとどう考えても「小さい音楽」にならないね。小さいバクテリアのゲノムよりも、ジャンクDNAにまみれた人間なんかの巨大なゲノムを使ったほうが面白そうなんだけど、この縮尺では現実的ではない。

というわけでゲノム→音楽マッピングの方法を先に決めるのではなく、好ましい縮尺から先に決めてみよう。

19MbpのヒトY染色体が数分に納まるくらいの縮尺が好ましいかな。 そうなると、10万塩基対で1秒くらいかな。それなら3分ちょい。10万ヘルツ…100KHzか、人間が聞こえる上限って20KHzだっけ…。 うーん、でもとりあえず聞いてみたい気分になった。 Pythonのwaveモジュールを参考に。

import wave
w=wave.open(r"c:\tmp.wav", "w")
w.setnchannels(1)
w.setsampwidth(1)
w.setframerate(10000)

for i in range(10000):
    w.writeframes("asdfghjk")

w.close()
ほほう、ちゃんとwaveファイルが出来て蚊の鳴くような音が聞こえる。じゃぁこれでゲノムを可聴化してみよう。 サンプリングレート100000でY染色体をそのままつっこんだwav。バイナリエディタで見ると配列が見えます。(サイズが大きいのに別に面白くないので消しました) サンプリングレート10000でY染色体70塩基中に含まれるAの個数をつっこんだwav。これラジオの音だって言われたら信じそう。


[Python]  @2005-05-11 16:42
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