西尾泰和のブログ

この記事はまだ画像ファイルを移動していないので、 興味があればオリジナルゲノムを見る(カラーバー)をどうぞ。 ZopeでまるごとエクスポートしてあるからローカルでZope立ち上げてFTPでつなげば画像取れるんだけど…まぁ近いうちに。

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更新履歴
2003/09/19　アクセス制限の中に放置してあったのをとりあえず公開。(「Saccharomyces cerevisiaeのカラーバー」apgeoサーバ)
2004/02/06　研究室のサーバに移動＆専門外の人にわかりやすいように手直し。
2006/12/18　卒業した後も研究室のサーバに放置していたけども、再利用することになったので自分のサーバに移動。

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ゲノムはA,T,G,Cの4つの「塩基」で出来ています。
カラーバーは、ゲノムの塩基組成の偏り(つまりAが多いのかGが多いのかなど)を色を使って可視化したものです。 詳しい計算式は省きますが、大まかに言うとGが多いほど緑になり、Cが多いほど青くなり、Aが多いほど赤くなり、Tが多いほど白くなります。
百聞は一見にしかず。 さっそくSaccharomyces cerevisiae(一言で言うと「パン酵母」)のゲノムを見てみましょう。

Saccharomyces cerevisiae(出芽酵母)の全染色体のカラーバー

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全体的にピンク色をしていますが、これは全体的にATリッチ(AとTが多い)だからです。 それでもところどころ青い線があったりします。これはその周辺だけCが特に多いということです。 ちなみに、1ピクセルが1000塩基になっています。 つまり、1本の青い線は「その周辺1000個の塩基は平均よりCが多い」ということを意味しています。

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Escherichia coli O157(食中毒で有名になった病原性の大腸菌)のカラーバー。

O157は染色体に分かれてないので1本で表示するととても横長になってしまいます。 そこで500ピクセルごと(つまり50万塩基ごと)に折り返してあります。
S.cerevisiaeに比べるととても青緑が強いですね。

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こっちは1万塩基が1ピクセルになっているので10倍圧縮されています。

• Salmonella(サルモネラ菌)
• Escherichia coli K-12(非病原性大腸菌)
• Escherichia coli O157(病原性大腸菌)

病原性のないK-12と病原性のあるO-157はとても近い種類、というかK-12が赤痢菌とかから病原性の遺伝子をもらってO-157になったようなものなのですが、 ふたつのカラーバーを見比べていると確かにO157はK-12の面影を残しているように思えます。

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おまけ

• Vibrio cholerae(コレラ菌)の1番染色体
• 2番染色体
• Brucella melitensis(ブルセラ菌)の1番染色体
• 2番染色体
• Bacillus subtilis(納豆菌の仲間 枯草菌)